Procedūros, taikomos nustatant DNR fragmento nukleotidų seką. Yra du bendri metodai tai daryti:

• Maxam ir Gilbert technika (cheminio poveikio), naudoja skirtingų cheminių medžiagų išeiti į DNR fragmentai ne konkrečių bazes; arba

• Sanger technika (vadinamas di-dezoksi arba grandinę nutraukiančios metodas) naudoja DNR polimerazė, kad naujos DNR grandinės, su di-dezoksi nukleotidai (grandinės nutraukimų) sustabdyti grandinės atsitiktinai kaip jis auga.

Abiem atvejais DNR fragmentai yra atskirti pagal ilgį poliakrilamido gelio elektroforeze, kuriuo seka iki skaityti tiesiai iš gelio.