Įkurta imtas iš 2 Indonezijos dvasininkų, JI tapo teroristų organizacija, kai vienas iš steigėjų, Abdullah Sungkar, atėjo su Osama bin Ladenu ir al Qaida. JI, nes plitimo įtraukti teroristų grupuotėms kiekvienoje šalyje Pietryčių Azijoje ir Australijoje. Pagrindinės organizacijos tikslas – sukurti vieningą Pietryčių Azijos islamo valstybė, kuri nori ruožas nuo Pietų Tailande, per Malakos pusiasalis, apimanti Singapūras, ir visoje Indonezijos salynas į pietinėje Filipinų. Dažniausiai jie verčiasi Indonezija, Malaizija, Tailandas ir Pietų salos Filipinai, kai jie teigia, kad darbo užmokesčio Šventąjį karą prieš "Vakarų imperializmo", ir kitų agentų, kurie atsispirti jų judėjimą.

Šiuo metu vadovauja dvasininko Abu Jelena Bashir, kad JI yra manoma, kad responsbile už spalis, 2002 sprogdinimus Bali, Marriott sprogimas 2003 m., ir nepavyko sklypą bomba JAV ir Izraelio ambasados ir Didžiosios Britanijos ir Australijos diplomatinių pastatų Singapūre 2001 m. gruodžio mėn.