Žemėlapyje vietose genai tarp rūšių palyginimas. Tai rezultatai rodo didelę apsaugos blokai genų ir net didelių segmentų chromosomos tarp rūšių. Didžiosios naudoti gali būti pagaminti iš šios apsaugos žemėlapyje poziciją. Pvz., žinduolių, tai reiškia, kad jei genas yra susietas vienu ar abiem stipriai susieti rūšių (žmonėms ir pelių), tada tikėtina, kad kitų žinduolių genų vietą galima nuspėti su daug pasitikėjimo. Ir atvirkščiai, jei susietasis anoniminis DNR žymeniu daro įtaką kiekybinių bruožas (tai yra orientacinis žymeklio nėra susietas su kiekybinių bruožas lokusas (QTL)), pasakyti, galvijų, tada žinių lyginamoji žemėlapio galvijų ir žmonės gali nustatyti genų homologinės žmogaus genomą, kurie gali atitikti į QTL regione. Tokie genai vadinami lyginamoji pozicinį kandidato genų (straipsnį šia tema).