Metodą atskirti nukleino rūgšties ar baltymų molekulių pagal jų molekulių dydį. Molekulių migruoja per inertinių gelis matrica apsvaigus nuo elektrinį lauką. Baltymų puslapis, ploviklių pvz., natrio dodecilsulfato (SDS) yra dažnai papildomas užtikrinti, kad visi molekulės yra vienodas mokestis. Vidurinės struktūra dažnai gali sukelti nenormalu migracijos molekulių. Todėl yra įprasta denatūruoti baltymų mėginiai virinant juos prieš puslapis. Atveju nukleino rūgščių, apie denatūrantus pavyzdžiui formamido, karbamido ar metilo gyvsidabrio (II) hidroksido dažnai įtraukiamos į gelį, kuris taip pat gali būti paleisti aukštoje temperatūroje. Puslapis skirtas atskirti DNR sekos reakcijos produktų ir dirba geliai yra labai denatūravimo, nes molekulių skiriasi dydis vieno nukleotido turi būti išspręsta.