Metodas sekos ilgai (> 1 kb) klonuoti DNR fragmentus. Pradinės sekos reakcija atskleidžia pirmą kelių šimtų nukleotidų klonuotų DNR seka. Remiantis šiais duomenimis, gruntas su apie 20 nukleotidai ir papildo pabaigoje nurodyta DNR seka yra sintetinamas, ir naudojama sekos kitą kelių šimtų nukleotidų klonuotų DNR. Ši procedūra kartojama tol, kol visiškai nukleotidų seką taip pat klonuotų DNR yra nustatomas.