Nukleotidų seką - paprastai susideda iš 4, 6 ar 8 nukleotidų - kuris atpažintas iš ir į kurios jungiasi restrikcijos endonukleazės (fermentų). Tipo II apribojimas fermentai (tie, kurie naudojami eksperimentams genų klonavimas) jis taip pat seka per kurį fermentą konkrečiai gabalai (ir jų atitinkamas fermentų metilinama) DNR, t. y. už tipo II fermentų, pripažinimo svetainėje ir tikslą svetainėje yra ta pačia tvarka. I tipo fermentų jungiasi prie jų pripažinimo svetainę ir tada skilti DNR mėginį šiek tiek daugiau ar mažiau atsitiktinai vietoje, o ne joje pripažinimo.