Konkrečios nukleotidų seka DNR, kad yra pripažįstamas tipo II restrikcijos endonukleazės ir mokanti dvigrandę supjaustyti. Apribojimas vietų paprastai apima keturių arba šešių bazinių porų, kurios paprastai yra straipsnį šia palindromic (tema), pvz., 5´GGCC3´

3´CCGG5´

dviejų dalių gali būti supjaustyti arba priešais vienas kitą, sukurti buki galai, arba keliomis partijomis siunčiamos būdu, suteikiant lipni baigiasi, priklausomai nuo dalyvaujančių fermentų.