Metodas klonavimo didelių regionų chromosomos. Nuo žinomos svetainės, genų biblioteka yra tikrinami klonai, kad hybridize į DNR zondų iš pirmoji klonas galai. Šie klonai yra tada izoliuoti, ir jų galai naudojamas bibliotekoje vėl. Šie klonai yra tada izoliuoti ir jų galai naudojamas, ir taip toliau.