Nelielu stikla virsmas, kam ir noteikta masīva DNS fragmenti, katram ar noteiktu atrašanās vietu. A tipisks DNS čipu būs 10 000 diskrēto plankumi (katra satur dažādu DNS fragmentu) zonā, kurā iekļūst tikai pāris kvadrātcentimetrus. , Kad šķīdums fluorescently marķētās DNS fragmenti ir hybridized mikroshēmā, plankumi, kas rodas hibridizācijas ir redzami kā fluorescenci. , Ja plankumi uz mikroshēmā ir gēni (izteikts secības atzīmes skat), hibridizācijas ar cDNA no konkrētu audu parāda, kuras gēni ir izteikti audu. , Ja plankumi ir īsi, sintezētas oligonucleotides (aptuveni 25 bāzes) atbilst daļu gēnu, kas satur viena nukleotīdu polimorfisms (SNP)(q.v.) ar atsevišķas vietas katrā no 4 iespējamo bāzes vietnes, hibridizācijas ar genoma DNS no atsevišķu augu vai dzīvnieku ļauj, ka jābūt genotipētiem pie tik daudz atsevišķu SNP loci, kā ir pārstāvētas mikroshēmā. DNA chips lielā priekšrocība ir apjomā, uz kuru genotipa process var tikt automatizētas, dodot milzīgu skaitu no augiem vai dzīvniekiem jābūt genotipētiem loci milzīgs skaits.