Tipa II ierobežojumu endonukleāzes kas saistās (un vēlāk pieķersies) DNA vietās, kurās ir četri nukleotīdu pāriem secība, kas ir unikāli atzinusi, ka fermentu. , Jo jebkuru secību četriem pamatiem biežāk rodas nejauši nekā jebkura secība sešus pamatus, četras bāzes griezēji skaldīt biežāk nekā seši bāzes griezēji. Tādējādi , četras bāzes griezēji izveidot mazāku nekā seši bāzes griezēji fragmenti.