Gēnu, kas varētu atrasties tajā pašā reģionā kā DNS marķieri, kas ir pierādīts, ka tas būtu saistītas ar viena lokusa iezīme vai kvantitatīvi iezīme locus (QTL), kur gēnu iespējamo vietu genoma attiecīgās sugas pamatā ir tās zināmā atrašanās vieta kartē no citas sugas, t.i., ir balstīta uz salīdzinošu karti starp divām sugām.