Identificējamu DNA sekvence, kas atvieglo pētījums par kādu īpašību vai gēnu mantojumu. Šādu marķieru izmanto kartēšanas secību gēnu gar hromosomas un pēc konkrētu gēnu mantojumu: gēni, kas cieši saistīta ar marķieri būs mantojis parasti ar to. Marķieriem jābūt viegli identificējamas fenotipu, piemēram, kontrolējot viegli novērojama līdzeklis (piem., acu krāsa) vai, ja to viegli nosakāms ar molekulāro līdzekļiem, piemēram, microsatellite marķierus (skat.). S ee gēnu izsekošanu.