Sekvencēšanu ilgi metodi (> 1KB) klonēti DNS fragmentus. Sākotnējās ķēžu reakcijas atklāj pirmo pāris simtus nukleotīdu klonēti DNS secības. Pamatojoties uz šiem datiem, primer satur par 20 nukleotīdu un papildina secības tuvu beigām, secīgu DNS ir sintezēts, un pēc tam izmantota nākamo pāris simtus nukleotīdu klonēti DNS sekvencēšanu. Šo procedūru atkārto, līdz klonēti DNA pilnīgu nukleotīdu secību nosaka.