Nukleotīdu secība - parasti sastāv no 4, 6 vai 8 nukleotīdu - kas ir atzītas, un kas saistās ar ierobežojumu endonukleāzes (ierobežojums fermentu). Tipa II ierobežojumu fermenti (tiem, kas izmanto gēnu klonēšanas eksperimenti) ir arī secību, kādā fermenta īpaši izcirtņi (un to attiecīgo fermentu Metilē) DNA, t.i., par tipa II fermentus, atzīšanu gan mērķa vietā ir tajā pašā secībā. I tipa fermentiem saistītu savu atzīšanu vietu un pēc tam turēšu DNA daži vairāk vai mazāk gadījuma vietā, kur ārpus pazīšanas vietā.