Polimorfisms (skat) kodēšanas secībā, piemēram, konkrētu bāzes vietā pie bāzes 306 konkrēts gēns, viena persona varētu heterozygous A un g: mātes alēle varētu būt A šajā vietā, bet vecāku alēle G šajā vietā. Šāda veida polimorfisms ir plašs visā genoma un liela priekšrocība ir nosakāmi bez gela elektroforēzes, kas paver ceļu uz liela mēroga automatizācija genotipa noteikšana.