Tipa II ierobežojumu endonukleāzes kas saistās (un vēlāk pieķersies) DNA vietās, kas ietver sešas nukleotīdu pāriem secība, kas ir unikāli atzinusi, ka fermentu. , Jo jebkura secība sešus pamatus retāk rodas nejauši nekā jebkura no četrām bāzēm sērijai, seši bāzes griezēji skaldīt retāk nekā četrus bāzes griezēji. Tādējādi , seši bāzes griezēji izveidot lielākus fragmentus nekā četrus bāzes griezēji.