Kad vīruss ir klāt organismā, bet pastāv atpūtas (latento) stāvoklī, neradot vairāk vīrusu. Latent vīrusu infekcijas parasti neizraisa nekādas ievērojamas pazīmes un var ilgt ilgu laiku pirms kļūt par aktīvu un rada simptomus. HIV ir spējīgs vīrusu latenci, kā redzams balonos latents HIV inficētas šūnas, kas saglabājas cilvēka organismā, neskatoties uz pretretrovīrusu terapija (māksla).