Een kleine glazen oppervlak waarnaar heeft geweest vaste een array van DNA fragmenten, elk met een gedefinieerde locatie. A typische DNA chip zou bevatten 10 000 discrete vlekken (elk met een verschillende fragment van DNA) in een gebied van slechts een paar vierkante centimeter. Bij een oplossing van fluorescently geëtiketteerde DNA fragmenten is gekruist naar de chip, vlekken waarnaar hybridisatie optreedt zijn zichtbaar als fluorescentie. Als de vlekken op de chip genen zijn (uitgedrukt reeks tags, q.v.), kruising met cDNA van een bepaald weefsel toont welke genen worden uitgedrukt in dat weefsel. Als de vlekken korte zijn, gesynthetiseerd oligonucleotides (ongeveer 25 honken) overeenkomt met dat deel van een gen met een enkele nucleotidepolymorfisme (SNP)(q.v.), met een aparte plek voor elk van de 4 mogelijke bases op die site, kruising met genomic DNA van een individuele plant of dier maakt dat individu om te worden gegenotypeerd op zoveel SNP loci als zijn vertegenwoordigd op de chip. Het grote voordeel van spaanders van DNA is de mate waarin het proces van genotypering kan worden geautomatiseerd, waardoor enorme aantallen van planten of dieren te worden gegenotypeerd voor een groot aantal loci.