Een enzym dat specifiek RNA of single-stranded DNA te 5´ mononucleotides degradeert. Purified uit de filamenteuze schimmel Aspergillus oryzae, S ₁ nuclease wordt gebruikt bij de beoordeling van de omvang van een kruising reactie door het verwijderen van de ongepaarde regio's. Het is ook gebruikt voor het verwijderen van de kleverige uiteinden van beperkingsfragmenten. In S ₁ toewijzen, de codering regio van een gen wordt gedetecteerd door het uitvoeren van mRNA-DNA hybridisatie en verwijderen ongepaarde DNA met S ₁ nuclease.