In AnGR: Een maatregel van de genetische gelijkenis tussen elk paar van populaties. Dergelijke afstand kan worden gebaseerd op de fenotypische eigenschappen, allel frequenties of DNA sequenties. Bijvoorbeeld, genetische afstand tussen twee populaties met dezelfde allel frequenties op een bepaalde locus, en uitsluitend op basis van dat locus, gelijk is aan nul. De afstand voor een locus is maximale wanneer de twee populaties worden opgelost voor verschillende allelen. Wanneer allel frequenties worden geschat voor vele loci, de genetische afstand wordt verkregen door gemiddeld over deze loci.