Een aminozuur-reeks die is ontworpen in een proteïne te vergemakkelijken van de zuivering. Deze kunnen werken op een aantal manieren. De tag zou een ander eiwit, dat aan sommige andere materiaal zeer strak en dus waardoor het eiwit bindt te worden gezuiverd door de chromatografie van de affiniteit (q.v.). De tag kan bestaan uit een reeks korte aminozuur, die is erkend door een antilichaam. Het antilichaam zou vervolgens binden aan de proteïne overwegende dat het niet zo voor zou hebben gedaan. Een dergelijke korte peptide, genaamd vlag, is zo ontworpen dat het is bijzonder eenvoudig om antilichamen tegen het. De tag zou een paar aminozuren, die dan als een chemische tag op het eiwit worden gebruikt. Bijvoorbeeld een tekenreeks van positief geladen aminozuren zeer sterk wordt gebonden aan een negatief geladen filter: dit kan worden gebruikt als basis voor een scheiding systeem. Sommige aminozuren binden metalen sterk, vooral in paren: deze chemische eigenschap kan worden benut door met behulp van een filter met metalen atomen chemisch gebonden op het trekken van een eiwit uit een mengsel van proteïnen.