Een techniek waarmee overlappende gekloonde DNA fragmenten die vorm één continu segment van een chromosoom. Deze fragmenten kunnen worden gegenereerd door willekeurige schuintrekken of door gedeeltelijke spijsvertering met een vier-basenpaar cutter zoals Sau 3A. Een reeks van kolonie kruisingen wordt vervolgens uitgevoerd, beginnend met sommige gekloonde fragment die reeds is vastgesteld en die bekend is in de regio door de overlappende klonen omvatte. Dit geïdentificeerde fragment wordt gebruikt als een sonde naar voren halen klonen die aangrenzende sequenties bevatten. Deze worden vervolgens gebruikt als sondes zelf om te identificeren klonen uitvoering sequenties grenzend aan hen, enzovoort. Bij elke ronde van hybridisatie een "wandelingen" verder langs het chromosoom van het eerste fragment.