Prosedyrene for fastsettelse nukleotid sekvensen av et DNA-fragment. Det finnes to vanlige metoder for å gjøre dette:

• Maxam og Gilbert teknikken (kjemisk degradering), som bruker ulike kjemikalier for å bryte DNA i fragmenter på bestemte baser; eller

• Sanger teknikk (kalt di-deoxy eller kjede-terminating metoden) bruker DNA polymerase for å gjøre nye DNA-kjeder, med di-deoxy nukleotider (kjeden terminatorer) å stoppe kjeden tilfeldig som den vokser.

I begge tilfeller skilles DNA-fragmenter i henhold til lengde med polyakrylamid gel geleelektroforese, slik at sekvensen leses direkte fra gel.