En double-strandet DNA molekylet eller DNA RNA hybrid, der hver strand er et annet sted, og derfor inneholder en eller flere feil (ikke-utfyllende) base parene. A DNA dupleks er utarbeidet av hybridization av enkelt-strandet DNA molekyler fra to ulike kilder. Hvor de to DNAs identiske eller ligner sekvenser, en dobbel-strandet molekyl etableres, mens der de to DNAs skiller seg i rekkefølge, enkelt-strandet områder beholdes. En heteroduplex vil bli avslørt som enkelt-strand "busker" når DNA er observert elektron mikroskopisk. Kart i homologe og ikke-homologe to molekyler kan dermed konstrueres. Denne prosessen er kjent som heteroduplex-tilordning.