En klasse endonucleases som innstiftet DNA etter gjenkjenne en bestemt sekvens, f.eks Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´), og Hin dIII (5´AAGCTT3´). Det finnes tre typer begrensning endonuclease enzymer:

Type I: kutt nonspecifically avstand større enn 1000 bp fra anerkjennelse sekvensen og inneholder både begrensning og metylering.

Type II: Kutt på eller nær en kort, og ofte palindromic (eksemplarer), anerkjennelse sekvens. A separat enzym Sam-e methoxide samme anerkjennelse sekvens. De kan gjøre kutt i to DNA tilnærmingene nøyaktig overfor hverandre og generere sløv ender, eller de kan lage forskjøvet kutt å generere klissete ender. Type II begrensning enzymer er de vanligvis utnyttes i rekombinant DNA-teknologi.

Type III: kutt 24-26 bp nedstrøms fra en kort, asymmetrisk anerkjennelse sekvens. Krever ATP og inneholder både begrensning og metylering aktiviteter.