Endonucleases som gjenkjenner bestemte base sekvenser innenfor en DNA helix, å skape en dobbel-strand bryte av DNA.

Note: Type I begrensning enzymer binde til disse anerkjennelse områder, men senere kuttet DNA på ulike steder. Type II begrensning enzymer både binde og kutt i deres anerkjennelse eller mål-områder.