Fragmentos de uma superfície de vidro pequeno para o qual foi corrigido uma matriz de DNA, cada um com um local definido. A típica chip de DNA conteria 10 000 pontos discretos (cada um contendo um fragmento de DNA diferente) em uma área de apenas alguns centímetros quadrados. Quando uma solução de DNA marcada fluorescentemente fragmentos é hibridizado ao chip, manchas ao qual ocorre hibridação são visíveis como fluorescência. Se as manchas no chip são genes (expresso tag seqüência, q.v.), hibridação com cDNA de um tecido especial mostra quais genes são expressos em que o tecido. Se as manchas são curtas, sintetizado oligonucleotides (aproximadamente 25 bases) correspondente à parte de um gene que contem uma polimorfismos de nucleotídeo único (SNP)(q.v.), com um local separado para cada uma das 4 bases possíveis nesse local, hibridização com DNA genômico de uma planta individual ou animal permite que individual para ser genótipo em como muitos loci SNP como é representados no chip. a grande vantagem de chips de DNA é a extensão a que o processo de genotipagem pode ser automatizado, possibilitando que grandes números de plantas ou animais para ser genótipo para um grande número de loci.