Uma forma de VNTR (q.v.). Especificamente, um segmento de DNA caracteriza-se pela ocorrência de um número variável de cópias (de alguns até 30 ou assim) de uma sequência de em torno de 5 ou menos bases (chamada de unidade de repetição, q.v.). A típica microssatélite é a unidade de repetição AC, que ocorre em aproximadamente 100 000 diferentes locais em um típico do genoma dos mamíferos. Em qualquer um local (locus), normalmente existem vários "alelos diferentes," cada identificáveis de acordo com o número de unidades de repetição. Estes alelos podem ser detectados por PCR (q.v.), usando as primeiras demão projetadas da sequência original que situa-se em ambos os lados do microssatélite. Produto de quando o PCR é executado em um gel eletroforético, alelos são vistos que diferem em comprimento em unidades igual ao tamanho da unidade repetição, por exemplo, se os primers correspondem à seqüência original imediatamente em ambos os lados do microsatellite são cada 20 bases de tempo e um indivíduo é heterozigoto para uma AC microssatélite com um alelo que compreende 5 repete e repete-o outro composto por 6, o heterozigoto irá apresentar duas bandas no gel, uma banda sendo 20 + (2 × 5) + 20 = 50 bases muito tempo e o outro alelo sendo 20 + (2 × 6) + 20 = 52 bases de tempo. Microssatélites têm sido o marcador padrão de DNA: eles são facilmente detectáveis por PCR, e eles tendem a ser uniformemente localizados ao longo do genoma. Milhares foram mapeadas em muitas espécies diferentes.