A seqüência de nucleotídeos específica em que é reconhecido por uma endonuclease de restrição do tipo II e dentro que faz um corte de double-stranded DNA. Restrição sites geralmente compreendem quatro ou seis pares de bases que normalmente são palíndromos (q.v.), por exemplo, 5´GGCC3´ de

3´CCGG5´

as duas vertentes podem ser cortadas-também em frente ao outro, para criar extremidades sem corte, ou de forma escalonada, dando pegajoso termina, dependendo da enzima envolvida.