Um polipeptídeo feito de um gene recombinante, que contém partes de dois ou mais genes diferentes. Os diferentes genes juntam-se para que suas seqüências de codificação são no mesmo quadro de leitura: o aparato genético lê a fusão do gene como um único gene e portanto, produz uma proteína de fusão. Também conhecido como híbrido proteínas ou proteínas quiméricas. Estas proteínas são usadas:

-para adicionar uma marca de afinidade para uma proteína;

-para produzir um peptide como parte de uma proteína maior, que é então cortar depois que ela foi feita por meio da clonagem;

-para produzir uma proteína com as características combinadas de duas proteínas naturais; ou

- para produzir uma proteína onde duas diferentes atividades estão fisicamente ligadas.