Em relação a quaisquer dois loci, a ocorrência de haplótipos (gâmetas) com uma frequência igual ao produto da freqüência dos dois alelos relevantes, por exemplo, loci A e B está em equilíbrio de ligação se a frequência do haplótipo (gameta) A _I B _i é igual ao produto das frequências dos alelos A _i e B _i. aka enlace equilíbrio, mas isso é um termo enganoso, pois o conceito se aplica igualmente aos loci ligados e não ligados.