Uma molécula de DNA dupla-hélice ou híbrido DNA-RNA, onde cada fio é de uma origem diferente e, consequentemente, contendo um ou mais incompatíveis pares de base (não-complementares). A DNA duplex é preparado pela hibridação de moléculas de ADN single-stranded derivado de duas fontes diferentes. Onde os dois DNAs têm idêntico ou sequências muito similares, uma molécula double-stranded serão estabelecidas, Considerando que onde os dois DNAs diferem em sequência, single-stranded regiões permanecerá. Um doheteroduplex será revelado como single-strand "arbustos" quando o DNA é observado elétron microscopicamente. Mapa de regiões homólogas e não-homólogos das duas moléculas, assim, podem ser construídas. Este processo é conhecido como mapeamento de doheteroduplex.