Uma classe de enzimas que degradam moléculas de DNA ou RNA por clivagem as ligações fosfo-diéster que ligam nucleotídeos adjacentes. Em desoxirribonuclease (DNase), o substrato é o DNA. Em endonuclease, fende em sites internos na molécula de substrato. Exonuclease fende-se progressivamente da extremidade da molécula de substrato. Em ribonuclease (RNase), o substrato é o RNA. No S1 nuclease, o substrato é single-stranded DNA ou RNA. Nucleases têm diferentes graus de especificidade de seqüência de base, mais específico, sendo as endonucleases de restrição.