Muitas espécies vegetais contêm compostos fenólicos que denegrir através da oxidação. o processo é iniciado depois que as plantas são feridas. Oxidação fenólica pode levar à inibição do crescimento ou, em casos graves, a necrose tecidual e a morte. Antioxidantes são incorporados no meio de isolamento ou solução esterilizante para prevenir ou reduzir o escurecimento oxidativo. cf o carvão ativado.