Uma endonuclease de restrição II de tipo que une (e posteriormente cliva) DNA em sites que contêm uma seqüência de seis pares de nucleotídeos que é excepcionalmente reconhecida por essa enzima. Porque qualquer seqüência de seis bases ocorre menos freqüentemente por acaso do que qualquer sequência de quatro bases, cortadores de seis-base cleave menos freqüentemente do que cortadores de quatro bases. Assim, cortadores de seis-base criar fragmentos maiores do que os cortadores de quatro bases.