O processo pelo qual uma seqüência de transposon ou inserção insere-se um novo site sobre o mesmo ou outro molécula de DNA. Exatamente o mecanismo não é completamente compreendido e diferentes transposons podem transpor por mecanismos diferentes. Transposição em bactérias não exige extensa homologia de DNA entre o transposon e o DNA alvo. o fenômeno, portanto, é descrito como recombinação ilegítima.