Technika przy użyciu jednego, krótki (zwykle 10-mer) syntetycznych oligonukleotydów primerów do PCR. Podkład, których sekwencja został wybrany na losowe, inicjuje, którą replikacji w jego uzupełniające stron na DNA, produkujących fragmenty do około 2 kb długi, które mogą być oddzielone elektroforezy i barwione bromkiem etydyny. Podkład może wykazywać polimorfizm między osobami i fragmenty polimorficzne mogą być używane jako markery.