Metoda sekwencjonowania, która używa losowo sekwencjonowanych sklonowanych fragmentów genomu, bez wcześniejszej wiedzy o tym, z którego miejsca genimu pochodzi dany kawałek. To może być skontrastowane ze strategiami "kierowanymi", w których sekwencjonuje się DNA ze znanych miejsc w chromosomie. Ponieważ istnieją korzyści z obu strategii, badacze używają kombinacji zarówno losowych (shotgun), jak i kierowanych strategii w celu sekwencjonowania ludzkiego genomu.

Zobacz także: biblioteka, biblioteka genomowa.