Małe szklanej powierzchni do której została ustalona tablicy DNA fragmenty, każdy z określonej lokalizacji. A typowy układ DNA zawiera 10 000 dyskretnego miejsca (każda zawierająca różne fragment DNA) w obszarze zaledwie kilka centymetrów kwadratowych. , Gdy fragmenty rozwiązanie znakowanych fluorescencyjnie DNA jest hybridized do chip, miejsca, w których występuje hybrydyzacji są widoczne jako fluorescencji. Jeśli są miejsca na układ genów (wyrażona sekwencję znaczników, połączone), hybrydyzacja z cDNA z poszczególnych tkanek pokazuje, które geny są wyrażone w tej tkance. Jeśli plamy są krótkie, syntezy oligonukleotydów (około 25 baz) odpowiadającej tej części genu zawierające polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP)(q.v.), z oddzielnym miejscu dla każdej z 4 możliwych podstaw w tym miejscu, hybrydyzacja z genomowego DNA z poszczególnych roślin lub zwierząt umożliwia, że indywidualne do badań genotypu na tyle SNP loci jako są reprezentowane na chipie. Duża przewaga chipów DNA jest zakres, do którego mogą być zautomatyzowany proces genotypowania, umożliwiając w ten sposób ogromne liczby roślin lub zwierząt do badań genotypu ogromną liczbę loci.