Oznakowane segment (dodał) DNA, który jest w stanie po reakcji hybrydyzacji DNA, aby wykryć specyficznych sekwencji DNA w mieszaninie sekwencji. Jeśli oznaczone sekwencji jest komplementarna w stosunku do jednego w mieszaninie, dwie sekwencje będą stanowić podwójnej helisy. To będą identyfikowane dzięki jego etykiecie (albo przez radioaktywności lub fluorescencji).