Nazwa systematyczna i numer, który charakteryzuje enzymem w technicznej literatury. Przypisane przez Komisję enzymu, numer WE składa się z czterech liczb oddzielonych kropkami: pierwszy klasyfikuje enzymu do jednej z sześciu ogólnych grup: 1. Oksydoreduktaza; 2. O; 3. Hydrolazy; 4. Liazy; 5. Izomerazy; 6. Ligazy. Każdej grupy jest podzielona na podgrupy, każdej podgrupy do sub-sub-groups i ostatni numer jest specyficzny dla enzymu, np., we 3.1.21.1 jest deoxyribonuclease ja.