Metoda oddzielania cząsteczek poprzez wykorzystanie ich zdolność do wiązania specjalnie do innych cząsteczek. Istnieje kilka rodzajów chromatografii powinowactwa biologicznych. A biologiczne cząsteczki mogą być unieruchomiony i mniejsze cząsteczki (ligandem, połączone,), który jest powiązać może być zatrzymany, lub mniejszych ligand może być unieruchomione i makromolekułę przyklejone do niej. Wariant A jest za pomocą przeciwciał jako cząsteczka unieruchomiony i używać go do "przechwycić" swoje antygenu: to jest często nazywane immuno powinowactwo chromatografii. A zmiana jest pseudo-powinowactwo chromatografii, w którym związek, który jest podobny do biologicznych ligandu jest unieruchomiony na stały materiał, i enzymów lub inne białka są związane. Inne techniki obejmują chromatografii powinowactwa metali, gdzie jonów metali jest unieruchomiony na stałe wsparcie: metal jony wiążą się ściśle i specjalnie do wielu biomolekuły. Jonów metalu jest związany z grupą chelator lub chelatujące, grupy chemicznej, która wiąże bardzo mocno i wyraźnie do tego metalu.