Węgla organicznego, która stanowi pompa biologiczna transportowane jest przede wszystkim przez zatapiając cząstek materiału, na przykład martwych organizmów (w tym glonów maty) lub granulki odchodów. Jednak, niektóre węgla osiąga głęboki ocean jak rozpuszczony węgiel organiczny (DOC) transportu fizyczne procesów, na przykład downwelling, a nie tonie. Pompy węgla.