To technika, która identyfikuje nakładających się DNA sklonowane fragmenty tego formularza jeden segment ciągłe chromosomu. Te fragmenty mogą być generowane przez losowe ścinania lub częściowego trawienia z czterech para frez np Sau 3A. Szereg kolonii hybrydyzacji następnie wykonuje się, począwszy od niektórych sklonowany fragmentu, który już został zidentyfikowany i który znany jest w regionie objęte nakładających się klonów. Ten fragment zidentyfikowanych jest używany jako probe aby wyłowić klony zawierające obok sekwencji. Te są następnie używane jak sondy sobie do identyfikowania klonów wykonywania sekwencji przylegających do nich i tak dalej. w każdej rundzie hybrydyzacji, jeden "spacer" dalej chromosom z początkowego fragmentu.