Typ II endonukleazy wiąże się (a następnie rozszczepia) DNA w miejscach, które zawierają sekwencję czterech par nukleotydów, że ujmuje się tego enzymu. Bo dowolną sekwencję czterech baz występuje częściej przypadkiem niż dowolnej sekwencji sześć baz, cztery base Frezy cleave częściej niż sześć podstawy cięcia. W ten sposób , Frezy cztery podstawy tworzenia mniejsze fragmenty niż sześć podstawy cięcia.