Sekwencji nukleotydów - zazwyczaj składa się z 4, 6 lub 8 nukleotydów - które jest rozpoznawany przez i która wiąże substratowego (enzymy). Typu II enzymy (stosowanych w eksperymentów klonowania genów) jest również kolejność, w którym enzym specjalnie kawałki (i ich odpowiednich enzymów metylować) DNA, czyli na enzymy typu II, uznanie witryny i miejsce docelowe są taką samą sekwencję. Typu I enzymy bind na ich stronie uznanie i następnie cleave DNA kilka mniej lub bardziej przypadkowych pozycji poza tym miejscu uznanie.