Warunki reakcji - zwłaszcza temperatura, stężenie (stężenia soli) i pH-, które dyktują wyżarzania z pojedynczej nici DNA/RNA, DNA/DNA i RNA/RNA hybrydy. w surowości wysokich, dwupoziomowe apartamenty stanowią tylko między nici z doskonałe jeden komplementarności; niższe surowości pozwala wyżarzania między nici z pewną niezgodność między baz.