O processo pelo qual uma sequência de transposon ou inserção em si insere um novo site sobre a mesma ou outra molécula de DNA. Mecanismo de a exata não é totalmente compreendido e diferentes transposons podem transpor por mecanismos diferentes. Transposição em bactérias não exige extensa homologia de DNA entre o transposon e ADN do alvo. o fenômeno, portanto, é descrito como recombinação ilegítima.