O processo de recombinação que insere uma pequena molécula de DNA (geralmente por recombinação homóloga) para uma maior. Se as moléculas são circulares, integração envolve apenas um único Crossing-Over; se linear, em seguida, dois cruzamentos-over são necessários. Um exemplo bem conhecido é a integração do fago λ (lambda) DNA para o E. coli genoma.