Un compus care ucide organismele prin efectele biologice specifice, nu ca o otravă chimică mai larg. Specifice tipuri includ bio-insecticide şi bio-fungicide. Bio-pesticide diferă de la agenţii de biocontrolului în care bio-pesticide sunt agenţi de pasiv, întrucât biocontrolului agenţi sunt active, căutând dăunător să fie distrus. Există unele materiale anti-parazit extrem de atractiv, precum toxina Bacillus thuringiensis (Bt), în special interfereaza cu absorbtia alimentelor de la intestine de unele insecte, dar inofensiv pentru mamifere. Motivaţia din spatele dezvoltarea bio-pesticide este că acestea sunt mult mai probabil să fie biodegradabile şi sunt orientate la elemente specifice metabolismului a dăunătorilor.